ScanFold predicted structures which contain at least one base pair with Zavg < -2 have been extracted from SARS-CoV-2 results (sequence length 29903nt) and have been refolded using RNAfold to determine their individual MFE, structure, z-score (using 100X randomizations), and ensemble diversity score. Initital ScanFold settings: Window 120nt, Step 1nt, Randomizations 100x
Number	i	j	Sequence	ScanFold-Fold Pairs	MFE refold	z-score	ED	MFE	Length
1	7	33	GGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACC	(((...(((((....)))))....)))	(((((.(((((....)))))..)))))	-3.05	1.03	-7	27
2	45	59	GATCTCTTGTAGATC	(((((.....)))))	(((((.....)))))	-4.34	0.51	-2.3	15
3	61	75	GTTCTCTAAACGAAC	((((.......))))	((((.......))))	-1.24	1.97	-0.9	15
4	84	127	CTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAG	((((((((.((.((((.(((.....))).)))))).))))))))	((((((((.((.((((.(((.....))).)))))).))))))))	-3.37	1.15	-20.1	44
5	130	146	TAATTAATAACTAATTA	((((((.....))))))	.................	0.15	3.11	0	17
6	148	158	TGTCGTTGACA	(..(...)..)	((((...))))	-2.06	1.2	-0.8	11
7	163	175	ACGAGTAACTCGT	(((((...)))))	(((((...)))))	-5.21	0.55	-3.2	13
8	188	218	GGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGCC	((((((.(((((......)))))..))))))	((((((.(((((......)))))..))))))	-4.21	0.19	-17.2	31
9	347	395	GTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTC	(.(((((.(((((((((((((.....))).)))))..))))).))))))	..(((((.(((((((((((((.....))).)))))..))))).))))).	-3.91	3	-22.6	49
10	398	410	CATCTTAAAGATG	(((((...)))))	(((((...)))))	-5.23	0.77	-1.8	13
11	411	474	GCACTTGTGGCTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTT	((((.((.((((..((..(((((((....(((.....))))))))))..)))))).)).))).)	((((.((.((((..((..(((((((....(((.....))))))))))..)))))).)).)))).	-2.34	3.48	-20.9	64
12	483	498	GTTCGGATGCTCGAAC	((((((....))))))	((((((....))))))	-2.6	0.67	-4.3	16
13	499	513	TGCACCTCATGGTCA	((.(((....)))))	((.(((....)))))	-1.5	1.08	-2.2	15
14	538	554	ACTCGAAGGCATTCAGT	(((.((......)))))	(((.(((....))))))	-0.48	2.17	-1	17
15	564	622	GTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGC	((((((((.((((.(((((......................))))))))).))))))))	((((((((.((((.(((((..(((((((....).)))))).))))))))).))))))))	-3.36	5.09	-28.2	59
16	626	643	GTTCTTCTTCGTAAGAAC	((((((......))))))	((((((......))))))	-3.5	1.24	-3.1	18
17	654	712	GAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTAGGCGACGAGCTT	(((((.((.(((..(((((.(((...........)))...)))))..))).)).)))))	(((((.((.(((..(((((.(((...........)))...)))))..))).)).)))))	-2.58	2.41	-21.7	59
18	757	822	ACATAGCAGTGGTGTTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGT	(((((((((((...........................................)))).)))))))	(((((((((((((((..(((((...((((....))))....)))).)..)))).)))).)))))))	-3.89	4.18	-26.1	66
19	837	853	GTGGCCCTGATGGCTAC	((((((.....))))))	((((((.....))))))	-2.43	0.34	-7.1	17
20	861	907	AGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACT	(((((((..(((.....(((((....))))).....))).)))))))	(((((((..(((.....(((((....))))).....))).)))))))	-3.15	2.82	-15.2	47
21	910	925	GTCCGAACAACTGGAC	(((((......)))))	(((((......)))))	-2.67	0.56	-4.4	16
22	940	1030	GAGGGGTGTATACTGCTGCCGTGAACATGAGCATGAAATTGCTTGGTACACGGAACGTTCTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGACACCTTTT	(((((((((...((((..(((((.((..(((((......))))).)).)))))...(((((....)))))........)))))))))))))	(((((((((...((((..(((((.((..(((((......))))).)).)))))...(((((....)))))........)))))))))))))	-3.53	2.22	-32.3	91
23	1067	1093	GGGGAATGTCCAAATTTTGTATTTCCC	((((((((.(........)))))))))	((((((((.(........)))))))))	-2.36	3.44	-6.4	27
24	1113	1135	CTATTCAACCAAGGGTTGAAAAG	((.(((((((...))))))).))	...(((((((...)))))))...	-3.79	1.35	-6.7	23
25	1138	1153	AAAGCTTGATGGCTTT	((((((....))))))	((((((....))))))	-3.78	0.82	-4.2	16
26	1155	1180	TGGGTAGAATTCGATCTGTCTATCCA	((((((((..........))))))))	((((((((..........))))))))	-2.58	1.51	-7.4	26
27	1181	1204	GTTGCGTCACCAAATGAATGCAAC	(((((((((.....)).)))))))	(((((((((.....)).)))))))	-2.72	1.65	-6.5	24
28	1215	1264	TTTCAACTCTCATGAAGTGTGATCATTGTGGTGAAACTTCATGGCAGACG	(.((.....(((((((((.(.((((...)))).).)))))))))..)).)	......((.(((((((((.(.((((...)))).).))))))))).))...	-2.2	3.26	-13.6	50
29	1280	1300	GCCACTTGCGAATTTTGTGGC	(((((...........)))))	(((((...........)))))	-2.64	0.15	-6.5	21
30	1563	1572	GTAACCATAC	(.(....).)	..........	0	0.35	0	10
31	1584	1618	GAGAAGGTTCCGAAGGTCTTAATGACAACCTTCTT	(((((((((......(((.....))))))))))))	(((((((((......(((.....))))))))))))	-2.68	0.86	-10.8	35
32	1625	1636	CTCCAAAAAGAG	(((......)))	(((......)))	-0.58	1.58	-0.1	12
33	1637	1666	AAAGTCAACATCAATATTGTTGGTGACTTT	(((((((.((.((....)).)).)))))))	(((((((.((.((....)).)).)))))))	-2.64	4.58	-7.2	30
34	1676	1706	GAAGAGATCGCCATTATTTTGGCATCTTTTT	((((((((.((((......))))))))))))	((((((((.((((......))))))))))))	-4.91	0.84	-12.1	31
35	1711	1732	TTCCACAAGTGCTTTTGTGGAA	(((((((((....)))))))))	.((((((((....)))))))).	-5.02	1.03	-9.5	22
36	1743	1766	GTTTGGATTATAAAGCATTCAAAC	((((((((........))))))))	((((((((........))))))))	-3.48	0.53	-4.6	24
37	1772	1812	GTTGAATCCTGTGGTAATTTTAAAGTTACAAAAGGAAAAGC	(((...((((...((((((....))))))...))))..)))	......((((...((((((....))))))...)))).....	-2.22	2.38	-8.2	41
38	1823	1915	GCCTGGAATATTGGTGAACAGAAATCAATACTGAGTCCTCTTTATGCATTTGCATCAGAGGCTGCTCGTGTTGTACGATCAATTTTCTCCCGC	((..((...((((((..........((((((.(((((((((..((((....)))).)))))..))))))))))....))))))...))...))	((..((((.((((((..........((((((.(((((((((..((((....)))).)))))..))))))))))....)))))).))))...))	-1.88	6.74	-24.6	93
39	1974	2030	TAGATGGAATTTCACAGTATTCACTGAGACTCATTGATGCTATGATGTTCACATCTG	((((((((((.(((.(((((.((.(((...))).))))))).))).)))).))))))	((((((((((.(((.(((((.((.(((...))).))))))).))).)))).))))))	-3.81	3.01	-17.5	57
40	2042	2083	AACAATCTAGTTGTAATGGCCTACATTACAGGTGGTGTTGTT	(((((((((.((((((((.....)))))))).))).))))))	(((((((((.((((((((.....)))))))).))).))))))	-3.82	1.11	-15.6	42
41	2123	2197	GTTTATGAAAAACTCAAACCCGTCCTTGATTGGCTTGAAGAGAAGTTTAAGGAAGGTGTAGAGTTTCTTAGAGAC	((((..((.((((((..((((.(((((((...((((......))))))))))).)).)).)))))).))..))))	((((.(((.((((((..((((.(((((((...((((......))))))))))).)).)).)))))).))).))))	-2.84	10.26	-20.3	75
42	2198	2227	GGTTGGGAAATTGTTAAATTTATCTCAACC	((((((((((((....))))..))))))))	((((((((((((....))))..))))))))	-3.75	1.98	-9.5	30
43	2228	2269	TGTGCTTGTGAAATTGTCGGTGGACAAATTGTCACCTGTGCA	(((((..((((..(((((....)))))....))))..)))))	(((((..((((..(((((....)))))....))))..)))))	-2.74	3.1	-13.1	42
44	2281	2302	GGAGAGTGTTCAGACATTCTTT	(((((((((....)))))))))	.((((((((....)))))))).	-3.79	0.92	-6.9	22
45	2314	2380	UAAAUUUUUGGCUUUGUGUGCUGACUCUAUCAUUAUUGGUGGAGCUAAACUUAAAGCCUUGAAUUUA	(((((((..(((((((.((...(.((((((((....)))))))))...)).)))))))..)))))))	(((((((..(((((((.((...(.((((((((....)))))))))...)).)))))))..)))))))	-4.61	2.11	-24.1	67
46	2382	2397	GTGAAACATTTGTCAC	((((........))))	((((........))))	-2.15	1.05	-1.5	16
47	2460	2527	CTCTAAAAGCCCCAAAAGAAATTATCTTCTTAGAGGGAGAAACACTTCCCACAGAAGTGTTAACAGAG	((.......(((...(((((......)))))...)))...((((((((.....)))))))).....))	((((.....(((...(((((......)))))...)))...((((((((.....))))))))...))))	-2.76	7.17	-15.5	68
48	2542	2614	AACTGGTGATTTACAACCATTAGAACAACCTACTAGTGAAGCTGTTGAAGCTCCATTGGTTGGTACACCAGTT	((((.......................(((.(((((((.((((.....)))).))))))).))).....))))	((((((((...................(((.(((((((.((((.....)))).))))))).))).))))))))	-3.62	8.57	-23.3	73
49	2623	2639	CGGGCTTATGTTGCTCG	(((((.......)))))	(((((.......)))))	-2.66	0.32	-5.5	17
50	2650	2666	CACAGAAAAGTACTGTG	(((((.......)))))	(((((.......)))))	-2.96	0.31	-3.6	17
51	2682	2705	TGATGGTAACAAACAATACCTTCA	(((.((((........)))).)))	(((.((((........)))).)))	-3.95	0.76	-4.8	24
52	2710	2759	CAAAGGCGGTGCACCAACAAAGGTTACTTTTGGTGATGACACTGTGATAG	(....((((((((((((..(((....)))))))))....))))))....)	.....((((((((((((..(((....)))))))))....)))))).....	-1.65	7.6	-13.7	50
53	2767	2800	AGGTTACAAGAGTGTGAATATCACTTTTGAACTT	(((((.((((((((.......)))))))))))))	.((((.((((((((.......)))))))))))).	-3.38	0.81	-10.9	34
54	2818	2837	AGTACTTAATGAGAAGTGCT	(((((((......)))))))	(((((((......)))))))	-3.87	0.64	-5.4	20
55	2838	2894	CUGCCUAUACAGUUGAACUCGGUACAGAAGUAAAUGAGUUCGCCUGUGUUGUGGCAG	(((((.((((((.((((((((.(((....)))..)))))))).))))))...)))))	(((((.((((((.((((((((.(((....)))..)))))))).))))))...)))))	-4.2	1.38	-25.1	57
56	2895	2924	ATGCTGTCATAAAAACTTTGCAACCAGTAT	(((((....................)))))	((((((..................))))))	-0.36	4.79	-2.2	30
57	2940	3002	CACTGGGCATTGATTTAGATGAGTGGAGTATGGCTACATACTACTTATTTGATGAGTCTGGTG	((((((((.((...((((((((((..((((((....)))))))))))))))).))))))))))	((((((((.((...((((((((((..((((((....)))))))))))))))).))))))))))	-3.51	5.39	-21.9	63
58	3004	3092	GTTTAAATTGGCTTCACATATGTATTGTTCTTTCTACCCTCCAGATGAGGATGAAGAAGAAGGTGATTGTGAAGAAGAAGAGTTTGAGC	((((.(.((..(((((((......((.((((((....((((.....))))..)))))).))......)))))))......)).).))))	(((((((((..(((((((......((.((((((....((((.....))))..)))))).))......)))))))......)))))))))	-2.52	10.85	-23.1	89
59	3098	3110	ACTCAATATGAGT	(((((...)))))	(((((...)))))	-6.55	0.93	-2.4	13
60	3112	3158	TGGTACTGAAGATGATTACCAAGGTAAACCTTTGGAATTTGGTGCCA	((((((((((........((((((.....))))))..))))))))))	((((((((((........((((((.....))))))..))))))))))	-2.85	7.14	-13.7	47
61	3159	3197	CUUCUGCUGCUCUUCAACCUGAAGAAGAGCAAGAAGAAG	(((((.(((((((((........))))))).)).)))))	(((((..((((((((........)))))))))))))...	-4.24	10.48	-16.2	39
62	3200	3269	TGGTTAGATGATGATAGTCAACAAACTGTTGGTCAACAAGACGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTA	((((.((.((.((((.(((.....(((((((.((.....)))))))))...))).))))..)).))))))	((((.((.((.((((.(((.....(((((((.((.....)))))))))...))).))))..)).))))))	-3.13	6.97	-17.4	70
63	3274	3325	AACAATTGTTGAGGTTCAACCTCAATTAGAGATGGAACTTACACCAGTTGTT	((((((((.((((((((...(((.....)))...)))))).)).))))))))	((((((((.((((((((...(((.....)))...)))))).)).))))))))	-3.81	1.36	-16.5	52
64	3327	3348	AGACTATTGAAGTGAATAGTTT	((((((((......))))))))	.(((((((......))))))).	-3.36	0.71	-5.2	22
65	3350	3370	AGTGGTTATTTAAAACTTACT	(((((((......))).))))	(((((((......))).))))	-0.82	2.58	-1.3	21
66	3372	3402	ACAATGTATACATTAAAAATGCAGACATTGT	(((((((...((((...))))...)))))))	(((((((...((((...))))...)))))))	-3.81	1.34	-6.4	31
67	3416	3460	AAGGTAAAACCAACAGTGGTTGTTAATGCAGCCAATGTTTACCTT	(((((((.....(((.(((((((....))))))).))))))))))	(((((((.....(((.(((((((....))))))).))))))))))	-3.53	2.83	-16	45
68	3473	3511	GGUGUUGCAGGAGCCUUAAAUAAGGCUACUAACAAUGCC	(((((((..((((((((....)))))).))..)))))))	(((((((..((((((((....)))))).))..)))))))	-4.18	1.87	-15.6	39
69	3519	3591	TTGAATCTGATGATTACATAGCTACTAATGGACCACTTAAAGTGGGTGGTAGTTGTGTTTTAAGCGGACACAA	((...((........((((((((((((.....(((((...))))).))))))))))))........))...))	.((..((((...(..((((((((((((.....(((((...))))).))))))))))))..)...))))..)).	-3.02	4.19	-21.9	73
70	3605	3647	TGTCTTCATGTTGTCGGCCCAAATGTTAACAAAGGTGAAGACA	(((((((((.((((.(((......))).))))..)))))))))	(((((((((.((((.(((......))).))))..)))))))))	-3.11	2.86	-14.2	43
71	3653	3692	CTTCTTAAGAGTGCTTATGAAAATTTTAATCAGCACGAAG	((((......(((((.((..........)).)))))))))	..........(((((.((..........)).)))))....	-0.75	5.85	-5.4	40
72	3701	3732	GCACCATTATTATCAGCTGGTATTTTTGGTGC	((............................))	((((((..(.((((....)))).)..))))))	-3.77	0.68	-11.2	32
73	3738	3764	CTATACATTCTTTAAGAGTTTGTGTAG	(((((((..(((...)))..)))))))	(((((((..(((...)))..)))))))	-3.75	1.45	-7.6	27
74	3819	3862	AACTTGTTTCAAGCTTTTTGGAAATGAAGAGTGAAAAGCAAGTT	(((((((((...((((((((....))))))))...)))))))))	(((((((((...((((((((....))))))))...)))))))))	-2.97	3.73	-13.1	44
75	3870	3907	AGATCGCTGAGATTCCTAAAGAGGAAGTTAAGCCATTT	((((.(((....(((((....)))))....))).))))	.(((.(((....(((((....)))))....))).))).	-1.65	3.01	-8.8	38
76	3909	3932	TAACTGAAAGTAAACCTTCAGTTG	((((((((........))))))))	((((((((........))))))))	-3.47	2.04	-6.1	24
77	3943	3970	ACAAGATGATAAGAAAATCAAAGCTTGT	(((((.((((......))))...)))))	(((((.((((......))))...)))))	-3.83	0.84	-4.5	28
78	3978	4030	AAGTTACAACAACTCTGGAAGAAACTAAGTTCCTCACAGAAAACTTGTTACTT	((((.((((....((((((.(((......))).)).))))....)))).))))	((((.((((....((((((.(((......))).)).))))....)))).))))	-2.74	6.43	-10	53
79	4033	4082	TATTGACATTAATGGCAATCTTCATCCAGATTCTGCCACTCTTGTTAGTG	((((((((....(((((((((......))))..)))))....))))))))	((((((((....(((((((((......))))..)))))....))))))))	-3.34	2.79	-13.4	50
80	4096	4108	TTTCTTAAAGAAA	(((((...)))))	.............	0	2.26	0	13
81	4169	4181	CCTACTAAAAAGG	(((.......)))	.............	0.18	1.74	0	13
82	4182	4232	CTGGTGGCACTACTGAAATGCTAGCGAAAGCTTTGAGAAAAGTGCCAACAG	(((.(((((((.((.(((.(((......)))))).))...))))))).)))	(((.(((((((.((.(((.(((......)))))).))...))))))).)))	-3.68	1.63	-18.7	51
83	4242	4275	TAACCACTTACCCGGGTCAGGGTTTAAATGGTTA	((((((...((((......)))).....))))))	((((((...((((......)))).....))))))	-3.27	2.31	-10.7	34
84	4287	4322	AGGCAAAGACAGTGCTTAAAAAGTGTAAAAGTGCCT	(((((...(((.(........).))).....)))))	(((((...(((.(........).))).....)))))	-3.31	2.02	-8.1	36
85	4344	4355	TCTCTAATGAGA	((((....))))	((((....))))	-6.88	0.54	-2.9	12
86	4358	4370	CAAGAAATTCTTG	(((((...)))))	(((((...)))))	-6.19	0.92	-1.6	13
87	4376	4419	GTTTCTTGGAATTTGCGAGAAATGCTTGCACATGCAGAAGAAAC	(.....(...((.((((((.....)))))).))....).....)	(((((((...((.((((((.....)))))).))....)))))))	-2.83	2.67	-12.4	44
88	4422	4433	GCAAATTAATGC	(((......)))	(((......)))	-7.21	1.34	-0.4	12
89	4445	4464	GAAACTAAAGCCATAGTTTC	(((((((......)))))))	(((((((......)))))))	-4.33	0.29	-4.7	20
90	4468	4510	TATACAGCGTAAATATAAGGGTATTAAAATACAAGAGGGTGTG	(((((...(......................)......)))))	..((((.(.(..........((((....))))...).).))))	-0.04	10.42	-2.2	43
91	4514	4570	GATTATGGTGCTAGATTTTACTTTTACACCAGTAAAACAACTGTAGCGTCACTTATC	(((..((((((((.((((((((........)))))))....).))))))))...)))	.....((((((((.((((((((........)))))))....).))))))))......	-1.33	11.22	-9.6	57
92	4585	4644	TCTAAATGAAACTCTTGTTACAATGCCACTTGGCTATGTAACACATGGCTTAAATTTGGA	((.......((.((.(((((((..(((....)))..)))))))...)).)).......))	(((((((..((.((.(((((((..(((....)))..)))))))...)).))..)))))))	-2.92	5.54	-15.3	60
93	4645	4693	AGAAGCTGCTCGGTATATGAGATCTCTCAAAGTGCCAGCTACAGTTTCT	((((((((((.(((((.((((....))))..))))))))...)))))))	((((((((((.(((((.((((....))))..))))))))...)))))))	-3.17	2.3	-17.2	49
94	4707	4721	ATGCTGTTACAGCGT	((((((...))))))	((((((...))))))	-4.18	0.83	-4.5	15
95	4726	4778	TGGTTATCTTACTTCTTCTTCTAAAACACCTGAAGAACATTTTATTGAAACCA	((((..((.......((((((..........)))))).........)).))))	(((((.((.......((((((..........)))))).........)))))))	-2.33	4.63	-7.5	53
96	4801	4825	AGATTGGTCCTATTCTGGACAATCT	((((((.(((......)))))))))	((((((.(((......)))))))))	-4.42	1.63	-8.9	25
97	4850	4933	AAGAGAGGTGATAAAAGTGTATATTACACTAGTAATCCTACCACATTCCACCTAGATGGTGAAGTTATCACCTTTGACAATCTT	((((((((((((((.((((((...)))))).(((....))).......((((.....))))...))))))))))......))))	...(((((((((((.((((((...)))))).(((....))).......((((.....))))...))))))))))).........	-3.41	8.98	-22	84
98	4938	4960	CACTTCTTTCTTTGAGAGAAGTG	((((((((((...))))))))))	((((((((((...))))))))))	-4.5	0.18	-10.7	23
99	4975	4990	GTTTACAACAGTAGAC	((((((....))))))	((((((....))))))	-2.37	0.18	-3.5	16
100	5001	5019	TCCACACGCAAGTTGTGGA	(((((((....).))))))	(((((((....).))))))	-3.1	1.66	-6.7	19
101	5021	5033	ATGTCAATGACAT	(((((...)))))	(((((...)))))	-6.64	0.88	-1.9	13
102	5037	5077	GACAACAGUUUGGUCCAACUUAUUUGGAUGGAGCUGAUGUU	((((.((((((.((((((.....)))))).)))))).))))	((((.((((((.((((((.....)))))).)))))).))))	-4.03	0.99	-17.8	41
103	5100	5138	CACAUGAAGGUAAAACAUUUUAUGUUUUACCUAAUGAUG	(((((..(((((((((((...))))))))))).))).))	..(((..(((((((((((...))))))))))).)))...	-4.22	3.26	-12.8	39
104	5139	5151	ACACTCTACGTGT	((((.....))))	((((.....))))	-3.15	0.73	-1.7	13
105	5164	5203	GTACTACCACACAACTGATCCTAGTTTTCTGGGTAGGTAC	((((((((.((.(((((....)))))...)))))).))))	((((((((.((.(((((....)))))...)))))).))))	-2.15	4.77	-9.8	40
106	5230	5243	GTGGAAATACCCAC	((((......))))	((((......))))	-3.34	0.19	-3.7	14
107	5244	5261	AAGTTAATGGTTTAACTT	(((((((....)))))))	(((((((....)))))))	-5.65	0.83	-3.4	18
108	5272	5296	GGCAGATAACAACTGTTATCTTGCC	((((((((((....)))))).))))	((((((((((....)))))).))))	-4.35	1.1	-10.9	25
109	5307	5336	TAACACTCCAACAAATAGAGTTGAAGTTTA	(((.(((.((((.......)))).))))))	....(((.((((.......)))).)))...	-1.56	1.9	-3.9	30
110	5340	5381	CACCTGCTCTACAAGATGCTTATTACAGAGCAAGGGCTGGTG	((((.(((((......(((((......)))))))))).))))	((((.(((((......(((((......)))))))))).))))	-2.9	0.36	-14.9	42
111	5400	5444	CACUUAUCUUAGCCUACUGUAAUAAGACAGUAGGUGAGUUAGGUG	((((((.((((.((((((((......)))))))))))).))))))	((((((.((((.((((((((......)))))))))))).))))))	-4.91	1.77	-20.7	45
112	5453	5474	GAAACAATGAGTTACTTGTTTC	(((((((........)))))))	(((((((........)))))))	-3.04	0.69	-4.2	22
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220	12382	12415	GTTGGATAATGATGCACTCAACAACATTATCAAC	((((.((((((.((.......)).))))))))))	....(((((((.((.......)).)))))))...	-2.22	3.09	-6.3	34
221	12418	12460	TGCAAGAGATGGTTGTGTTCCCTTGAACATAATACCTCTTACA	((.(((((...(((((((((....)))))))))..))))).))	((.(((((...(((((((((....)))))))))..))))).))	-2.4	4.03	-12.6	43
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326	18848	18872	CTAGTTGTGATGCAATCATGACTAG	(((...................)))	(((((((((((...)))))))))))	-3.71	0.61	-9.8	25
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328	19062	19110	ACCTCAAGCTGATGTAGAATGGAAGTTCTATGATGCACAGCCTTGTAGT	((..(((((((.((((..(((((...)))))..))))))).))))..))	((..(((((((.((((..(((((...)))))..))))))).))))..))	-2.56	3.46	-15	49
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431	24998	25017	GACTCATTCAAGGAGGAGTT	(((((.(((...))))))))	(((((.(((...))))))))	-1.27	2.5	-3.4	20
432	25033	25059	GAATCATACATCACCAGATGTTGATTT	((((((.(((((....)))))))))))	((((((.(((((....)))))))))))	-3.58	0.93	-8.1	27
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434	25161	25174	TCCAAGAACTTGGA	(((((....)))))	(((((....)))))	-3.51	0.94	-3.1	14
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