ENST00000471996.1, ENST00000471996.1 (transcript) Homo sapiens

Feature
Overview
NameENST00000471996.1
Unique NameENST00000471996.1
Typetranscript
OrganismHomo sapiens (Human)
Sequence length469
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
chr1chromosomechr1:109369530..109397861 -
Analyses
This transcript is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
FASTA Sequence - Transcripts2017-03-29
Gencode Annotation2017-03-01
FASTA Sequence - Protein Coding Transcripts2017-03-29
Properties
Property NameValue
Gene idENSG00000134243.11
Transcript idENST00000471996.1
Gene typeprotein_coding
Gene nameSORT1
Transcript typenonsense_mediated_decay
Transcript nameSORT1-006
Level2
Protein idENSP00000487674.1
Transcript support level3
TagmRNA_start_NF
Tagcds_start_NF
Havana geneOTTHUMG00000011999.4
Havana transcriptOTTHUMT00000317148.2
Relationships

This transcript is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesType
ENSG00000134243.11ENSG00000134243.11Homo sapiensgene


The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:

Feature NameUnique NameSpeciesType
ENST00000471996.1ENST00000471996.1-proteinHomo sapienspolypeptide


The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this transcript:

Feature NameUnique NameSpeciesType
UTR3:ENST00000471996.1UTR3:ENST00000471996.1Homo sapiensthree_prime_UTR


The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Feature NameUnique NameSpeciesType
exon:ENST00000471996.1:3exon:ENST00000471996.1:3Homo sapiensexon
exon:ENST00000471996.1:2exon:ENST00000471996.1:2Homo sapiensexon
exon:ENST00000471996.1:1exon:ENST00000471996.1:1Homo sapiensexon


The following stop_codon feature(s) are a part of this transcript:

Feature NameUnique NameSpeciesType
stop_codon:ENST00000471996.1stop_codon:ENST00000471996.1Homo sapiensstop_codon


The following CDS feature(s) are a part of this transcript:

Feature NameUnique NameSpeciesType
CDS:ENST00000471996.1CDS:ENST00000471996.1Homo sapiensCDS


Sequences
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>ENST00000471996.1 ID=ENST00000471996.1|Name=ENST00000471996.1|organism=Homo sapiens|type=transcript|length=469bp
TCTCGCGCTGGCCCCATGGCCTCGGCCTCCTCCTCCTCCTGCAGCTGCTG
CCGCCGTCGACCCTCAGCCAGGACCGGCTGGACGCGCCGCCGCCGCCCGC
TGCGCCGCTGCCGCGCTGGTCTGGCCCCATCGGGGTGAGCTGGGGGCTGC
GGGCGGCCGCAGCCGGGGGCGCGTTTCCCCGCGGCGGCCGTTGGCGTCGC
AGCGCGCCGGGCGAGGACGAGGAGTGCGGCCGGGTCCGGGACTTCGTCGC
CAAGCTGGCCAACAACACGCACCAGTTGTCAAAATCTCTTGAACATCGTT
TTTCGTCTGTATAAATAATCAGGACCCAGTAACGCTGTTAGGCCCCAGGA
AGGTGAAGGAGTAATTAACTCTTGAGCGCTTGCAGAAGTTGGGCTGCGCA
GAAGCAAAGCATGTGTTTGATGATCTCAGAGGCTCAGTATCCTTGTCCTG
GGTTGGAGATAGCACTGGG
back to top

transcript from alignment at chr1:109369530..109397861-

Legend: CDSexonstop_codonthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>ENST00000471996.1 ID=ENST00000471996.1|Name=ENST00000471996.1|organism=Homo sapiens|type=transcript|length=28332bp|location=Sequence derived from alignment at chr1:109369530..109397861- (Homo sapiens)
TCTCGCGCTGGCCCCATGGCCTCGGCCTCCTCCTCCTCCTGCAGCTGCTG CCGCCGTCGACCCTCAGCCAGGACCGGCTGGACGCGCCGCCGCCGCCCGC TGCGCCGCTGCCGCGCTGGTCTGGCCCCATCGGGGTGAGCTGGGGGCTGC GGGCGGCCGCAGCCGGGGGCGCGTTTCCCCGCGGCGGCCGTTGGCGTCGC AGCGCGCCGGGCGAGGACGAGGAGTGCGGCCGGGTCCGGGACTTCGTCGC CAAGCTGGCCAACAACACGCACCAGGTGAGCGGGCGCCGGGCCCGGGAGC CGCTCGGGTGCGAGGTGCCGCCCGCGTGCCCCTCCCGGCCCGTGCGCCCC GCGACTCCCGGAGGAGACCCCAGCCCTGCCGCGCCCGCGTCCCCCGGGCC GCAGCCCCGAAACTGCGGCGGGCGGGCGGGCGGAGTCGGGCCCGGGCGGC CGGCGGGGCTGTGTTTTGTCATAGGGGAGGCAATCTTAGACTTCCACCGC ATTCTTTTTTTTTTTTTTAAGTTGTCAAAATCTCTTGAACATCGTTTTTC GTCTGTATAAATAATCAGGACCCAGTAACGCTGTTAGGCCCCAGGAAGGT GAAGGAGTAATTAACTCTTGAGCGCTTGCAGAAGTTGGGCTGCGCAGAAG CAAAGGTGTGTCCTCTCTGGGTCAGTACTTTCCGGGTGGGAGAGGCGGGA GTTCAGGAGGCCCGAAGCAGCGATCTGGTCACCGTGTTTTAATAGTTAAG GGGACTAGCTTGGAAATGAGATGGCAATATTTATGTGATCTCTTTTACTG CTTCAGATTTGACCTTCTGTCATGGTACGGAAGTCTGACTAGCATGTCTA TATCCCGTGGTGACAAGATTTTCAATAGTTAAGAAACGCATTGCACATAT TCTGCTTTGAGCCAGCTCTTGGTCAAAAGACTTTCAAAATTATGGGATTT CTGTCCCTGGGGACAAGCAGCTCAACCTTTGCACACTACTGGACTGACAA AACTAATTATTAAGAAAGTCCTGGTTCCTTGCTTCAGCACAACTTGGGCA TCTTTCTCCTATTTCTCTAAAATTAACAATTTAATCCTTGCTAGCCACAT TTGCATAATGTATTTTCAATTCTATATATTTTCTCCCTTGCCTGTTTTCC TCTTTCAAAGAAAATGAATTGCACTTGGGGGCAGAGATGGGTGGCCAAGG CTCTGTGCCAGCACTTGTCCTTCTGTAACCGTTTTTCAGCGTCAGCCAAG CCTCAGTCTCCCTTTGGACTGCCTGGTTATCTGGACCATACTTGTTACCT GTAATAGAATTCTCTGATCTGAGGACACAAGACACAAATATTCAGGAATA ATTGTGCTTAGTGTATCCCGAGCAGCAGCTGTGTAAAGGTAGCCAAGCTA GTGCTGGAGGGTGAGACAGGTTGGGTAGAATGAGTACTGGGAAGTCTTCC TACTTGATGAGAAAAAAAAATCGAATAGACTTCCTTCTCACAGTGGGGGA TTGAGAAAGGCTTTACAACACTAATGCTTAATTTATACTGGACCACTTCC TTCCTTGAGCTAGCTGGTCACAGCATTCTTGCTCCATATTTCAAATTCTT CTCTCGCTGGTTGACCTAACTTTAGGTCTGCTGCTACTCCTGGATTTAGA TTTACTCCTGTTTTTCTTTTTCTCTTTTTTTGTGAGATAGAGTCTTACCT CAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGTGTGCACCACTATGCCTAGCTA ATTTTTGTGTAATTACTATTTTTTTTTTGAGATAGGGTCTCACTCTGTTG CCCAGGCTGGAATGCAGTGGTGTGATCACAGCTCACTGCAGCCCTGACCT CCTGGGCTCAAGTGATCCTCTCACCTCAGCCTCCCAAGTAGCCGGGACTA CTGGTACATGCACCCAGCTAATTGTTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTT TAAGAAACAGGGTTTTGCCATGTTCCCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGG CTCAAGTGCTCCACCCACCTTAGCCTGCCACAGTGCTGAGATTAGAGGCG TGAGCCACTATGCCCTGCCTGGATTTATTCCTTGAGTCAGAGTCTTCCTG GTTAGTTTGAATTGATGTGTCATTTGTAATATATTGATTCCAAAGAAAGA GGTTGAAAAAACTGGCTCAGGGGTTCTAAGGCCAAATCTGTGGAAGAGTA GACCTAAAACCACTCATTCTTTGAAGTCCACATGTAAAGAAATTTTCTTC TATTTCTTTCATTTAGCTGTTTGCAATAATTTTTTTTTAGTTTTTCTCTC CCAGTCTTTTTTTCAGTGACCTTATTTAAAATAGCTATTTTGGCTGGGCA CGGTGGCTCATGCCTGTAATCTTATCAATGTGGGAGGCCAAGGCAGGTGG ATCACTTGAGGTCAGAAGTTCAAGACTAGCCTGGCCAACATGGTGAAACC CTGTCTCTACTAAAAATACAAAAGTTAGCCAGACGCGGTGGCATGCGCCT GTAATTCCAGTTATTCTGGAGGCTGAGGCATGACGATCACTTGAACCCAG GAGGCAGAGGTTGCAGCGAGCCGAGATCGCACCGTTGTACTCCAGCCTGG GTGACAGAGTGAGACTCTATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAGTTTTTGCGTTTGTTAGTCATCCGTGGTCTCTTCTTCAGAGATCTCA TCCTTTCTGTATCTGGTTAAAAAAAAAAAAAGTGGAGCCTTTGTTTAATA TCATTTACCTTAAAAATGGTTAAGTAGTACTTCTTAACCAAGAATTGTTA TGTAGTAGCCTGTTCTTCTGTTTATTTATTTGGTTTTAGAAGTCATAAAA 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GCCTGCATTTGAACCCTGGCCATGTCACTGTGTGATCCTGGGTGAGTTAC TTAAGTTTTCTGTGTCTCAGTTCCTAATCTGTAAAGTGAAGATAAGAGCA CTTAATTTGTAGGGTGGTTGTGAGAATTAAATGAGTGTGTGTTAAATTAT ATATACATAATATATACGTATATGTATATTATTGTATAAATATATATTTG TATTACATAATATATGCATATGTAATATTGTATTTGTAATGAGTTATAGT ATGTATTACAACATATCACATTGTGTTGTATAATCTATACATATGTAATA ACTCATTAGAAGAATGTCTGGCACATAATTAGCACTCAGCAATTAGCTAT CATTTATAAATGCTCTCTTCTTAGACTCAATAATCTTCCTTTTGCCTGGA ACTCAAAACTGTTTTCATGCCACATTTTTAACTGATTCTTTCCTTCAGCT GCTTGGAGTATTCATGACATGTATAACCTTTGTACATGCGTGAAATTGAG CAGGCCTAGAAGACTTTATTGTTGGTTACTAAGTTGGATTGCTTCAAAAC ATTTCTGCTGTAAGCACCCCTTTGAGGGTAGGCATGAAACTGTCTTAAAG GAACAGATGAAATGCCTTGGCCAGAGTTGTGGTGGTGGCTGACATAATTT CCTTACTTCTCATTCCTGTGTACAGACCATTTGACAATTTCCTTAAAACT TTTTAAACTTATGATGAATAAAGCCAGGAACTCTTGCTTATTTTCTGTCC TCCCTCTGCTCCTGTCACTAACTACTTCTGTAAACATAACTTCCCAACTT CTACTCCAACTTTAAAGCATCTGGTTCCTTAAATAAACAGGCCCTGTAGA GAGGCCGTGTTGTATGGGGTGTCAGCTCTGGGAAGAATGCGTGTGTTTGT TTGCTGGCTCTGGCAGGGTTGAGTCCAAGCTGACAGGACTGAGTGTGCCT 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TTCATGTAGTTATGAAAGACATTTTTCTCTTTTATTTTGGGGGTAATATT TTACCGTTTGTTCCTTGTTGGCTGAAAAATCTAATGCTAATAAAAGCTAC TAGCTTGAATAGTCCAAAAGCAAACCCAACAGATAGCAGTAAATTCATTT TTCTTTTTCCCTTTCCTATAGTACTCTGCCAAAACTGGGGCTTTTTTTCT TCATCCTGGCTGCCTGTGTGTTTGAAAATAGATGGTCAGCTTACCATAAA TATATTCACATGTAGAAACTTATATGTGATTAATTGGCTTGATTTATTTT TATCAGAAGAAAACGTATGTATGTTCCTTCTCTGGCTTATGAATACTATC CGTCTTATGTTTGCTTTGGATAAGCATTTTAGTCTTCCTGTATGTCCTAA AACGCGCGCGCGCACACACACACACACACACACACACACATACACACACA CACACACACTTTCTAATATTGTACTGAAGCCAGTTTGCAAGTCTGGTTCC ACAGTACAATTGCTCTGAAGGACCAGGAGAAATTGAACTGGGAAGGAAAA TTTGTATTAACTTCAATAATTCCCAGACAAGTTAGTTCAAATCATTTTTA TCTAGTATTTGCTATTTGTCACAAAGGATTCAAAACATAAATATGTTGTA TACAAAATCTCAAAGAGATGTCTCAATACCCAGATTTGGGTCCTGGCTCT GCTGCTTCATAGCTGTGTGATTATGGAAAATCACTTAACTTCAGTGGTCT TTACAGTTGTTTTTTAAACTAGAGCAGCAGCTCTTAGGATTGTTTGGAGG GTCAAATGAGAAGTTTTATCAACGTGTTTTGTTAAAGGTAAAGTACTATA TAGATGTCATTCATTTAGACACTTACTGAGCTGCCTGCCATGTACTGAGT GGAGTCCAGACCTGTGCATAAACAAAGCAAAGCACTGGGGCTATCTTAAG GATTTAGGTGTTCAGAGATGTTTCACTGGGAGTTTGGAAGAAGGCTTGAC CACTGCAGTGCAGTGTTCTGGGAAAGCCCTCTGGCTGAAGAGAGAATCAA AGTGGAGGTGATTTTTAGGGAGATCTGTAACGGCACGAAGGAAGTAGGAA AATCCAAGATATGTTCAAGGGATGGTCAACAGAAACTTTATTTTAGGGTG AGGTAGTTGATGGGGAGTATGACTAAGGTTTCCAGGAAAACATATAGGGA AGTTAAAAAAAAGATAGCTCTTTTGTGGGGGATGGAAAGAGAGGAGGGGC GTGGGTAGTGAGTTTGGCAAAAGGACTTACTTGTGAAAGAGAGAGTTTTA ACAGATAGTGCTAGACATGAGGCTAGAGCTGGAGGAACCAGAGGTAGAAA TGGGGAGCCAAGAAGAGTTCCCCTTTCAGAGGCCGGCCATTGCTTTGGTC TTGGATGTGAAGGTCCCAGAGGAAAGCAGAACAGAAGGTGAGGCAGACCA TCCTTTATACTTGAAGTGCTAACGTTTCCAAAAAGCACTCCTAAACTTCT GGACCTGGTTGAAGAAGAATGTGAGCCAAGGCATGAGGAAGCCAGGAGCT GTAAGACAGTGATGCCTATGAACAGATTTTTCTGAACATTTGTGAACAAG GATAAGGTTGAACTCTTGCTGATAATGTGCTTAATGGTTTGAATCATGGA TTATTGGGCCGATTAGCTGGTCAGAGCCCTTTTGCTGATGCGGCTGGCTG ACTTGCTTACTGGCCAAGAGCTGGGAGTAGAACACAGATGTCCCAACATG GTGCTGCATTTGGAAGTGTTTCATAGGAGTGTTGAAATCAATGCATTTGC TTTAGGGATAAGGCAAAGTTATGAGATCCCAGTTATAAGTAATATAGTTG TGAATTCTACTCTTTTTCTCAAGGTCATAGTACCCTCAACAGAGCTCAAC 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Coding sequence (CDS) from alignment at chr1:109369530..109397861-

>ENST00000471996.1 ID=ENST00000471996.1|Name=ENST00000471996.1|organism=Homo sapiens|type=CDS|length=628bp|location=Sequence derived from alignment at chr1:109369530..109397861- (Homo sapiens)
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CGCAGCGCGCCGGGCGAGGACGAGGAGTGCGGCCGGGTCCGGGACTTCGT
CGCCAAGCTGGCCAACAACACGCACCAG
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